1871 ഒക്ടോബര്‍ 24-ന് ഇട്ടിക്കുഞ്ഞ് നൈത്തി ദമ്പതികള്‍ക്ക് 7 മക്കളില്‍ ദ്വിതീയ പുത്രനായി പൂതത്തില്‍ തറവാട്ടില്‍ തൊമ്മിക്കുഞ്ഞ് ജനിച്ചു. ജന്മഗൃഹം എന്നറിയപ്പെടുന്നത് തച്ചേട്ട് കുടുംബമാണ്. കൊച്ചോക്കന്‍, കുഞ്ഞേപ്പ്, മത്തായി, കൊച്ചീര്യം, ഇട്ടിക്കുരുവിള, പാച്ചി എന്നിവര്‍ സഹോദരങ്ങളാണ്. തൊമ്മിക്കുഞ്ഞ് തന്റെ വിദ്യാഭ്യാസത്തിന് ആരംഭം കുറിച്ചത് കളരിയിലായിരുന്നു. പഠനത്തില്‍ അതിസമര്‍ത്ഥനായ അദ്ദേഹം ഉപരിപഠനം നടത്തിയത്. തൃശ്ശിനാപള്ളില്‍ ഈശോ സഭ വൈദീകര്‍ നടത്തിയിരുന്ന കലാലയത്തിലാണ്. 
തൊമ്മിക്കുഞ്ഞു ചെറുപ്പത്തില്‍ തന്നെ ക്രിസ്തു നാഥനില്‍ ആകൃഷ്ടനായി, ക്രൂശിത രൂപത്തിനു മുമ്പില്‍ നിറമിഴികളോടെ പ്രാര്‍ത്ഥിക്കുമായിരുന്നു. പൂതത്തില്‍ തറവാടിന്റെ തറവാട്ട് സ്വത്ത് അതായത് ‘ദീനദയാലുത്വം’ ചെറുപ്പത്തിലെ സ്വായത്തമാക്കിയ അദ്ദേഹത്തിന്, യാചകര്‍, നിത്യരോഗികള്‍, നിരാലംബര്‍, എന്നിവരോട് ഒരു പ്രത്യേക സ്നേഹവും പരിഗണനയും ഉണ്ടായിരുന്നു. ഇപ്രകാരം ജന്മസിദ്ധമായിരുന്ന ആദ്ധ്യാത്മിക വീക്ഷണത്തിന് കൂടുതല്‍ ദ്യഢത പകര്‍ന്ന് നല്‍കിയത് ഈശോ സഭ വൈദീകരായിരുന്നു. ശരിയായ അടിത്തറ മനസ്സില്‍ പണിതുയര്‍ത്തിയ അദ്ദേഹം തന്റെ ഹ്യദയത്തിലെ കരുണാര്‍ദ്രസ്നേഹം മുഴുവന്‍ യേശുനാഥനലര്‍പ്പിക്കാന്‍ ആഗ്രഹിച്ച് വൈദീകനാകാന്‍ തീരുമാനിച്ചു.